bakta-genome-annotation

@jaechang-hits · 收录于 1 周前

Annotate bacterial and archaeal genomes and plasmids with Bakta's Prodigal/HMM/diamond pipeline. Identifies CDS, ncRNA, tRNA, rRNA, tmRNA, sORFs, CRISPR arrays, oriC/oriV/oriT, and gaps against a curated UniRef-derived database. Produces NCBI-compatible GFF3, GenBank, EMBL, JSON, FASTA, TSV, and a circular genome plot. Use Prokka for legacy pipelines or non-bacterial kingdoms; PGAP for NCBI GenBank submission.

场景基因组注释微生物研究序列分析

适合你，如果正在做细菌或古菌基因组注释，需要标准格式输出。

/ 下载安装

https://github.com/jaechang-hits/SciAgent-Skills/tree/main/skills/genomics-bioinformatics/annotation/bakta-genome-annotation ↗

/ 通过 npx 安装 校验哈希

npx oh-my-skill add jaechang-hits/sciagent-skills/bakta-genome-annotation

/ 通过 bash 安装

curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- jaechang-hits/sciagent-skills/bakta-genome-annotation

/ 已经装过?验证本机副本,不用重装

npx oh-my-skill verify jaechang-hits/sciagent-skills/bakta-genome-annotation

安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。

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