datamol

@k-dense-ai · 收录于 3 周前 · 上游提交今天

Pythonic wrapper around RDKit with simplified interface and sensible defaults. Preferred for standard drug discovery including SMILES parsing, standardization, descriptors, fingerprints, clustering, 3D conformers, parallel processing. Returns native rdkit.Chem.Mol objects. For advanced control or custom parameters, use rdkit directly.

场景药物研发化学信息学

适合你，如果需要在药物发现中处理分子结构并计算属性。

/ 下载安装

https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/datamol ↗

/ 通过 npx 安装 校验哈希

npx oh-my-skill add k-dense-ai/scientific-agent-skills/datamol

/ 通过 bash 安装

curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- k-dense-ai/scientific-agent-skills/datamol

/ 已经装过?验证本机副本,不用重装

npx oh-my-skill verify k-dense-ai/scientific-agent-skills/datamol

安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。

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怎么用

商店整理自技能原文 · 版本 ab2f84a · 表述以原文为准

它做什么

安装 datamol 后，Claude 能用 datamol 库处理化学分子：解析 SMILES、标准化结构、计算理化描述符、生成分子指纹、聚类、产生 3D 构象等。所有分子对象都是原生 RDKit 类型。

什么时候触发

当用户要求进行分子格式转换、描述符计算、指纹生成、聚类分析或 3D 构象生成等药物发现任务时触发。

装好后可以这样说

返回标准化后的分子和描述符值。

默认 Tanimoto 距离阈值 0.2。

使用 ETKDGv3 方法生成 50 个构象。

技能原文在 GitHub 查看 →

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