gget

@k-dense-ai · 收录于 3 周前 · 上游提交今天

Fast CLI/Python queries to 20+ bioinformatics databases. Use for quick lookups: gene info, BLAST/BLAT, viral sequence downloads, AlphaFold structures, enrichment analysis, OpenTargets, COSMIC, CELLxGENE, and 8cube mouse specificity/expression data. Best for interactive exploration and simple queries. For batch processing or advanced BLAST use biopython; for multi-database Python workflows use bioservices.

场景基因查询序列比对结构检索

适合你，如果需要快速从20多个生物信息学数据库获取基因、序列或结构信息

/ 下载安装

https://github.com/K-Dense-AI/scientific-agent-skills/tree/main/skills/gget ↗

/ 通过 npx 安装 校验哈希

npx oh-my-skill add k-dense-ai/scientific-agent-skills/gget

/ 通过 bash 安装

curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- k-dense-ai/scientific-agent-skills/gget

/ 已经装过?验证本机副本,不用重装

npx oh-my-skill verify k-dense-ai/scientific-agent-skills/gget

安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。

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索引托管

怎么用

商店整理自技能原文 · 版本 ab2f84a · 表述以原文为准

它做什么

装上gget后，Claude可以运行gget命令或Python函数，从20多个生物信息学数据库快速查询基因信息、序列比对（BLAST/BLAT）、蛋白质结构（PDB/AlphaFold）、表达数据（ARCHS4/CELLxGENE）、富集分析（Enrichr）等。

什么时候触发

当用户要求查询基因信息、做序列比对、下载参考基因组、预测蛋白质结构或进行富集分析时触发。

装好后可以这样说

返回基因元数据。

返回基因组位置。

列出富集通路。

技能原文在 GitHub 查看 →

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