accessibility-aggregation
@ammawla · 收录于 3 周前
Build comprehensive chromatin accessibility maps by aggregating ATAC-seq and DNase-seq narrowPeak data across multiple ENCODE experiments, donors, and labs. Use when the user wants to answer "where is chromatin accessible in my tissue?" by combining peak calls into a union peak set. Handles cross-lab variation, ATAC vs DNase platform differences, and ENCODE blocklist filtering.
适合你，如果需要在特定组织中整合多个实验的染色质可及性数据。
/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/accessibility-aggregation/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/accessibility-aggregation/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/accessibility-aggregation安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
37GitHub stars
~2.8K最小装载
~2.8K含声明引用
~7.6K文本包总量
索引托管
怎么用
商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准它做什么
该技能会搜索并下载多个ENCODE实验的ATAC-seq和DNase-seq峰文件，过滤黑名单和低信号峰，合并所有峰为一个联合开放染色质区域集，并标注每个区域在多少样本中出现。
什么时候触发
当用户询问“我的组织中染色质在哪里开放？”或要求“构建开放染色质图谱”时触发。也适用于需要合并不同实验室、供体或平台（ATAC vs DNase）的开放染色质数据。
装好后可以这样说
技能会搜索胰腺ATAC-seq实验并开始聚合流程。
技能会下载并合并多个DNase-seq样本的峰。
评论
登录即可评论;带「已验证安装」的,是发布者名下有本店的安装或持有记录。
…