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ammawla

@ammawla
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作品集

accessibility-aggregation
聚合ENCODE实验数据构建染色质可及性图谱
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batch-analysis
批量处理多个实验的质控、下载、比较和报告生成
场景批量实验分析质控筛选实验对比
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bioinformatics-installer
一键安装生物信息学分析工具与环境
场景生信环境搭建工具安装依赖管理
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cellxgene-context
整合单细胞与批量实验数据，解析细胞类型特异性调控
场景单细胞分析调控元件验证数据整合
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cite-encode
生成符合ENCODE规范的引用格式
场景论文写作基金申请数据引用
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clinvar-annotation
查询调控区域变异与临床意义的关联
场景变异解读临床遗传分析
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compare-biosamples
比较不同生物样本的调控模式
场景跨组织比较细胞类型对比疾病对照分析
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cross-reference
关联ENCODE数据与多个科学数据库
场景基因组研究文献检索临床转化
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disease-research
用功能基因组数据研究疾病机制
场景疾病机制研究变异注释药物靶点发现
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download-encode
下载ENCODE基因组数据文件到本地
场景基因组数据下载生物信息分析
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ensembl-annotation
查询基因注释、预测变异影响、转换基因组坐标
场景基因研究变异分析基因组坐标转换
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epigenome-profiling
用ENCODE数据构建组织或细胞类型的表观基因组图谱
场景表观遗传研究染色质状态分析组蛋白修饰分析
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functional-screen-analysis
分析ENCODE功能基因组筛选数据，识别功能元件
场景基因组筛选功能元件分析crispr筛选
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geo-connector
搜索和查询NCBI GEO与ENCODE数据集
场景基因表达查询数据集交叉引用
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gnomad-variants
查询人群等位基因频率与基因约束分数
场景变异解读群体遗传分析
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gtex-expression
查询基因在组织中的表达水平并与调控元件关联
场景基因表达分析组织特异性查询调控元件验证
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gwas-catalog
将GWAS变异与ENCODE调控元件关联分析
场景遗传关联研究功能变异优先排序
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hic-aggregation
聚合多个Hi-C实验的染色质接触图谱
场景染色质互作分析三维基因组研究
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histone-aggregation
整合多个实验的组蛋白修饰数据，生成高置信度峰图
场景组蛋白分析峰图合并
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integrative-analysis
整合多个ENCODE实验进行跨数据集或多组学分析
场景多组学整合跨数据集比较峰值重叠分析
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jaspar-motifs
在ENCODE峰中查找转录因子结合基序
场景转录因子分析调控区域扫描
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liftover-coordinates
在不同基因组版本间转换坐标
场景基因组分析数据迁移
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methylation-aggregation
聚合WGBS数据构建组织级DNA甲基化图谱
场景甲基化分析表观遗传研究
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motif-analysis
分析ChIP-seq和ATAC-seq峰中的转录因子结合基序
场景基序发现转录因子分析
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multi-omics-integration
整合多组学数据构建组织调控图谱
场景多组学分析增强子发现调控网络构建
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peak-annotation
将测序峰图关联到基因并注释功能
场景峰图注释基因功能分析
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pipeline-atacseq
按ENCODE标准处理ATAC-seq数据，从FASTQ到峰和信号轨道
场景染色质可及性表观遗传学
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pipeline-chipseq
按ENCODE标准处理ChIP-seq数据，从FASTQ到峰和信号轨道
场景基因测序表观遗传学生物信息分析
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pipeline-cutandrun
从FASTQ到峰值的CUT&RUN全流程自动化处理
场景表观遗传学染色质分析测序数据处理
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pipeline-dnaseseq
从FASTQ到DNase热点和足迹的完整分析流程
场景染色质开放性足迹分析
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pipeline-guide
运行和管理ENCODE生物信息学分析流程
场景生物信息分析流程部署计算资源管理
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pipeline-hic
从FASTQ到接触矩阵和环调用，自动化执行Hi-C分析流程
场景hi-c数据处理染色质构象分析环调用
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pipeline-rnaseq
从FASTQ文件自动运行RNA-seq分析流程
场景rna测序基因表达分析转录组定量
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pipeline-wgbs
将WGBS测序数据从FASTQ处理到甲基化调用
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publication-trust
评估论文的可信度与科学完整性
场景论文评估文献引用研究复现
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quality-assessment
评估ENCODE实验数据质量，筛选可用数据
场景数据质量检查实验筛选数据分析前评估
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regulatory-elements
发现并表征基因组中的调控元件
场景基因调控分析非编码区注释染色质状态分类
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scientific-writing
从ENCODE分析自动生成论文方法章节与图注
场景论文写作方法章节图注生成
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scrna-meta-analysis
整合多个单细胞转录组数据集，鉴定组织细胞类型与标志基因
场景跨研究整合细胞图谱构建批次效应校正
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search-encode
搜索和探索ENCODE项目基因组学数据
场景基因组数据查询实验数据探索
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setup
安装并配置 ENCODE 连接器
场景连接配置故障排查
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single-cell-encode
查询和分析ENCODE单细胞基因组数据
场景单细胞分析基因表达细胞类型注释
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track-experiments
追踪和管理ENCODE实验数据与引用
场景实验管理文献引用数据溯源
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ucsc-browser
查询基因组调控元件与DNA序列
场景基因研究调控元件分析序列提取
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variant-annotation
用ENCODE功能数据注释遗传变异，解读非编码区调控影响
场景gwas后分析变异功能注释调控元件解读
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visualization-workflow
将ENCODE数据转化为出版级可视化图表
场景基因组可视化论文配图
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