bioinformatics-installer

@ammawla · 收录于 3 周前

Install bioinformatics tools for ENCODE data analysis. Covers CLI tools (BWA, STAR, samtools, MACS2), R/Bioconductor packages (DESeq2, Seurat, ChIPseeker), Python packages (Scanpy, deeptools), and Nextflow pipeline infrastructure. Generates conda environments, R install scripts, and Python requirements. Use when the user needs to set up a bioinformatics workstation, install tools for a specific assay, create reproducible environments, or troubleshoot dependency issues. Trigger on: install tools, set up environment, conda create, bioinformatics setup, install R packages, install Bioconductor, install pipeline tools.

场景生信环境搭建工具安装依赖管理

适合你，如果需要快速配置生物信息学分析工作站或可复现环境

/ 下载安装

https://github.com/ammawla/encode-toolkit/tree/main/plugin/skills/bioinformatics-installer ↗

/ 通过 npx 安装 校验哈希

npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/bioinformatics-installer

/ 通过 bash 安装

curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/bioinformatics-installer

/ 已经装过?验证本机副本,不用重装

npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/bioinformatics-installer

安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。

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索引托管

怎么用

商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准

它做什么

安装 ENCODE 数据分析所需的生物信息学工具，包括命令行工具、R/Bioconductor 包、Python 包和 Nextflow 流程基础设施。它会生成 conda 环境、R 安装脚本和 Python 依赖文件。

什么时候触发

当用户需要设置生物信息学工作站、安装特定分析的工具、创建可复现环境或解决依赖问题时触发。

装好后可以这样说

会生成并运行 chipseq-env.yml 环境文件。

会生成 atacseq-env.yml 环境文件。

技能原文在 GitHub 查看 →

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