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gnomad-variants

@ammawla · 收录于 3 周前

Query gnomAD (Genome Aggregation Database) for population allele frequencies, gene constraint scores, and variant annotations to interpret ENCODE regulatory variants. Use when the user needs allele frequencies for variants in ENCODE regulatory elements, wants to assess gene constraint (pLI, LOEUF) for ENCODE target genes, needs population-specific frequencies for GWAS variants overlapping cCREs, wants to filter variants by rarity before functional annotation, or is interpreting ENCODE CRISPR/MPRA results in the context of population genetics. Also use when the user mentions gnomAD, allele frequency, pLI, LOEUF, constraint, rare variants, population frequency, ExAC, or variant filtering.

适合你,如果需要在ENCODE调控元件中解读群体遗传数据

/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/gnomad-variants
/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/gnomad-variants
/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/gnomad-variants
安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
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索引托管

怎么用

商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准
它做什么

装上后,Claude 可以查询 gnomAD 数据库,获取人群等位基因频率、基因约束分数(pLI、LOEUF)和变异注释,用于解读 ENCODE 调控变异。

什么时候触发

当你询问 gnomAD、等位基因频率、基因约束、罕见变异等关键词,或需要为 ENCODE 调控元件中的变异查询人群频率时触发。

装好后可以这样说
返回基因约束数据。
返回该变异的等位基因频率。
返回过滤后的变异列表。

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