hic-aggregation
@ammawla · 收录于 3 周前
Build comprehensive chromatin contact maps by aggregating Hi-C loop calls (BEDPE) across multiple ENCODE experiments, donors, and labs. Use when the user wants to answer "what regions are in 3D contact in my tissue?" by creating a union catalog of chromatin loops. Handles resolution-aware anchor matching, cross-lab variation, and Hi-C-specific quality metrics.
适合你，如果正在研究三维基因组，需要整合多个Hi-C实验的染色质环数据。
/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/hic-aggregation/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/hic-aggregation/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/hic-aggregation安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
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怎么用
商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准它做什么
这个技能会帮你从多个ENCODE Hi-C实验中汇总染色质环（chromatin loops），生成一个合并的BEDPE文件，并标注每个环在多少个样本中被检测到。
什么时候触发
当你需要回答“我的组织里哪些区域有3D接触？”或要求汇总多个供体的Hi-C环数据时触发。
装好后可以这样说
技能会搜索所有胰腺Hi-C实验，下载环文件并合并。
技能会查找K562的Hi-C实验，进行质量过滤和合并。
技能会合并多个肝脏Hi-C实验，并标注支持样本数。
评论
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