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integrative-analysis

@ammawla · 收录于 3 周前

Plan and execute integrative analysis combining multiple ENCODE experiments for cross-dataset or multi-omic workflows. Use when the user wants to combine experiments, perform cross-dataset comparison, multi-omic integration, peak overlap analysis, differential binding, signal correlation, chromatin state segmentation, enhancer-gene linkage, or any analysis that requires merging or comparing data from two or more ENCODE experiments. Covers same-assay cross-sample, multi-omic same-sample, cross-organism, and perturbation integration designs. Guides compatibility checks, batch effect detection, normalization, integration strategy selection, and provenance documentation.

适合你,如果需要在ENCODE实验间进行联合分析与整合

/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/integrative-analysis
/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/integrative-analysis
/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/integrative-analysis
安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
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怎么用

商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准
它做什么

Claude 会帮你规划并执行多个 ENCODE 实验的整合分析,包括检查实验兼容性、检测批次效应、选择整合策略(如峰重叠、信号相关、差异结合、染色质状态分割、增强子-基因连接等),并记录分析来源。

什么时候触发

当你要求组合、比较或整合多个 ENCODE 实验,或询问峰重叠、差异结合、信号相关、染色质状态分割、增强子-基因连接等分析时触发。

装好后可以这样说
Claude 会搜索兼容实验并检查批次效应。
Claude 会使用 BEDTools 进行峰重叠分析。
Claude 会指导选择实验并执行 ChromHMM。

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