methylation-aggregation
@ammawla · 收录于 3 周前
Build comprehensive DNA methylation maps by aggregating WGBS (Whole Genome Bisulfite Sequencing) data across multiple ENCODE experiments, donors, and labs. Use when the user wants to answer "where is DNA methylated/unmethylated in my tissue?" by combining per-CpG methylation data into tissue-level methylation profiles. Handles coverage filtering, identifies hypomethylated regions (HMRs) and partially methylated domains (PMDs), and manages cross-lab variation.
适合你,如果需要在多个样本中整合DNA甲基化数据并识别差异区域。
/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/methylation-aggregation/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/methylation-aggregation/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/methylation-aggregation安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
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怎么用
商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准它做什么
该技能会整合多个ENCODE实验的WGBS数据,生成组织级别的DNA甲基化图谱,包括每个CpG位点的平均甲基化水平,并识别低甲基化区域(HMRs)和部分甲基化区域(PMDs)。
什么时候触发
当用户询问特定组织(如肝脏、大脑)中DNA甲基化或未甲基化的位置,或需要汇总多个供体的甲基化数据时触发。
装好后可以这样说
开始搜索胰腺组织的WGBS实验。
识别HMRs。
进行跨样本聚合。
评论
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