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motif-analysis

@ammawla · 收录于 3 周前

Guide for de novo and known motif enrichment analysis of ENCODE ChIP-seq and ATAC-seq peaks using HOMER and MEME Suite. Use when users need to discover TF binding motifs in peaks, validate ChIP-seq targets, or find co-binding partners. Trigger on: motif analysis, HOMER, MEME, de novo motif, motif enrichment, findMotifsGenome, AME, MEME-ChIP, known motif, TF binding motif, co-factor, motif discovery.

适合你,如果正在分析ENCODE峰数据,需要发现或验证转录因子结合基序。

/ 通过 npx 安装 校验哈希
npx oh-my-skill add ammawla/encode-toolkit/motif-analysis
/ 通过 bash 安装
curl -fsSL https://oh-my-skill.com/install.sh | bash -s -- ammawla/encode-toolkit/motif-analysis
/ 已经装过?验证本机副本,不用重装
npx oh-my-skill verify ammawla/encode-toolkit/motif-analysis
安装目标可用 --agent / --scope 或 --to 明确指定;省略时只会在唯一已存在的 agent 目录上自动选择,零命中或多命中会停止并提示。content_hash 缺失或不一致均拒装。
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索引托管

怎么用

商店整理自技能原文 · 版本 b1d90bc · 表述以原文为准
它做什么

安装后,Claude 能指导你使用 HOMER 和 MEME Suite 对 ENCODE 的 ChIP-seq 或 ATAC-seq 峰进行从头和已知基序富集分析,包括输入准备、运行工具和结果解读。

什么时候触发

当你询问基序分析、HOMER、MEME、从头基序发现、基序富集等关键词,或需要验证 ChIP-seq 靶标、寻找共结合伙伴时触发。

装好后可以这样说
Claude 会提供 meme-chip 命令和参数建议。
Claude 会说明超几何检验和多重检验注意事项。

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